Митрополит Митрофан (Баданин) родился в 1953 году в Ленинграде во дворце Великого Князя Михаила Александровича (семья проживала во флигеле дворца вплоть до 1959 года). Крещен в младенчестве в кафедральном Никольском Морском соборе Петербурга.
В 1976 году окончил Высшее военно-морское училище и в том же году в звании лейтенанта начал службу на Северном флоте. C 1979 года был командиром кораблей различных классов. В 1995 году окончил Военно-морскую академию имени Н. Г. Кузнецова. В 1997 году уволился в запас в звании капитана 2 ранга.
В 1998 году назначен пресс-секретарём епископа Мурманского Симона (Гети) и руководителем издательства Мурманской епархии. Основатель и первый редактор газеты Мурманской епархии «Православная миссионерская газета».
В 1999 году поступил в Православный Свято-Тихоновский богословский институт, который окончил в 2005 году, поступив в аспирантуру.
В 2000 году получил благословение от архимандрита Иоанна (Крестьянкина) на принятие монашества. 11 июня 2000 года архиепископом Мурманским Симоном (Гетей) пострижен в монашество с наречением имени Митрофан в честь святителя Митрофана, первого патриарха Константинопольского.
13 июня того же года рукоположён во иеродиакона, а 25 июня — во иеромонаха. Назначен настоятелем Успенского прихода села Варзуга. 28 марта 2007 года возведён в сан игумена.
23 сентября 2009 года на заседании диссертационного совета ПСТГУ состоялась защита его диссертации на соискание учёной степени кандидата богословия «Житие преподобного Трифона Печенгского и история Печенгского монастыря в свете новых исторических документов (опыт критического переосмысления)».
2 октября 2013 года решением Священного синода избран епископом Североморским и Умбским. 1 ноября наречён во епископа. 24 ноября в храме Сошествия Святого Духа в посёлке Первомайское хиротонисан во епископа Североморского и Умбского. C 17 по 28 ноября 2014 года слушал двухнедельные курсы повышения квалификации для новопоставленных архиереев православной церкви.
25 декабря 2014 года решением Священного синода утверждён в должности священноархимандрита Свято-Троицкого Трифонова Печенгского мужского монастыря.
26 февраля 2019 года решением Священного синода назначен епископом Мурманским и Мончегорским и главой Мурманской митрополии; одновременно ему поручено временное управление Североморской епархией.
17 марта 2019 года в связи с назначением главой Мурманской митрополии возведён в сан митрополита. 17 июля 2020 года Священным синодом утверждён священноархимандритом Свято-Троицкого Феодоритова Кольского мужского монастыря города Мурманска.
В книге «До и после. Апология книги Еноха» высказывается в поддержку теории телегонии: "последствия полового контакта неизгладимы и меняют как физическую, так и духовную природу человека. Недаром в Писании в отношении «брака» используется соответствующее образное слово «прилепиться». В наше развращенное время подобное мнение может вызвать лишь насмешки и обвинение в мракобесии. Точно так, как это произошло с теорией телегонии, подвергнутой жестокому остракизму со стороны «просвещенного» сообщества".
Святые мученицы Пузинские Евдокия, Дария, Дария и Мария / Под ред. иеромонаха Митрофана (Баданина), 2002
Блаженный Феодорит Кольский, просветитель лопарей, 2002
Преподобный Трифон Печенгский и его духовное наследие. Житие, предания, исторические документы. Опыт критического переосмысления, 2003
Знание или любовь? О допустимости научных методов в толковании Евангелия, 2005
Житие преподобного Феодорита, просветителя Кольского: в излож. иеромонаха Митрофана (Баданина), 2006
Предание о Тихвинской иконе Божией Матери, что в селе Кашкаранцы на Терском берегу Белого моря, 2007
Прп. Варлаам Керетский: исторические материалы к написанию жития, 2007
Преподобный Варлаам Керетский. Исторические материалы к написанию жития, 2007
Преподобный Трифон Печенгский. Исторические материалы к написанию жития, 2009
Варзуга. Жемчужина Кольского Севера. К 590-летию первого русского поселения на Кольском Севере, 2009
Жития новомучеников Кольского Севера. В изложении игумена Митрофана (Баданина), 2011
Молитвословия Всем святым Кольским и чтимым иконам, 2011
Житие преподобного Варлаама Керетского чудотворца в краткой редакции, со стихотворным его изложением в форме акафиста, 2011
Икона Великого князя: Сказание о Великом князе Михаиле Александровиче Романове и его молельной иконе Божьей Матери «Казанская», что ныне пребывает в церкви преподобного Серафима Саровского на Серафимовском кладбище Санкт-Петербурга, 2012
Икона великого князя : сказание о Великом князе Михаиле Александровиче Романове и его молельной Казанской иконе Божией Матери, что ныне пребывает в храме преподобного Серафима Саровского на Серафимском кладбище Санкт-Петербурга, 2020
Кашкаранские святыни Терского берега, 2012
История Кандалакшского монастыря, 2012
Князь Александр Невский и Кольский Север. Неизвестные страницы жития, 2013
Война и любовь, 2013
Правда о русском мате, 2013-2019
Житие преподобного Трифона Печенгского чудотворца. В изложении епископа Митрофана (Баданина), 2017
Север как феномен. Христианство на подступах к Кольскому Северу
Присоединение Кольского Севера к Новгородской Руси. Аборигены края и первые христианские поселения, 2017
Активная христианизация Кольского Севера в XVI веке. Просветители края, итоги миссии и их последователи, 2017
Духовные истоки Русской революции, 2017
Спорт и его духовные аспекты, 2018
До и после. Апология книги Еноха, 2018
Мой XX век. О прожитом и пережитом, 2019
Мой XXI век. Долгий путь к свету., 2019
Грех Содома, 2019
Жемчужные глубины, 2020
Тайна Великой войны, 2020
«Аз есмь из Керети Варлаам». История житий святых отцов Кольского Севера XVI века, 2021
Жемчужные глубины — II, 2021
