В 1943 году Берн вступил в Армейский медицинский корпус как психиатр и именно во время войны он начал работать с группами. После увольнения в 1946 году Берн закончил работу над книгой «Психика в действии». Позднее эта книга была опубликована под названием «Руководство по психиатрии и психоанализу для широкого круга читателей». В последние годы жизни Эрик Берн работал и в Сан-Франциско, и в Кармеле, расположенном в 125 милях от Сан-Франциско.
Первая группа транзактного анализа Берна сформировалась в 1954 году. Берн развивал свои идеи, регулярно проводя социальные психиатрические семинары в Сан-Франциско, позже названные Семинарами Эрика Берна. Берн все больше убеждался в том, что консультант должен быть более активным, чем это допускается в ортодоксальном психоанализе, и должен практиковать скорее транзакционно, чем у изголовья кушетки в кабинете психиатра.
В течение 1960-х годов Эрик Берн не только писал книги и практиковал в качестве частного консультанта, но и одновременно был консультантом по психиатрии при главе медицинского управления армии США; лечащим психиатром в Клинике психической гигиены администрации ветеранов; лектором, читавшим курс групповой терапии в Нейропсихиатрической клинике Лэнгли-Портера, а также в Стэнфордской психиатрической клинике; адъюнкт-психиатром в Больнице Горы Сион, Сан-Франциско.
Эрик Берн умер от сердечного приступа 15 июля 1970 года. Работу, начатую Берном, продолжили многие его бывшие коллеги, посещавшие семинары в Сан-Франциско.