Після захисту дисертації про переклад візантійської Хроніки Георгія Амартола у 1990 році працював там же.
Євген Водолазкін доктор філологічних наук (2000), тема дисертації: «Всесвітня історія у літературі Стародавньої Русі (на матеріалі хронографічного та палейного оповідання XI—XV ст.)». Член редколегії журналу "Російська література". Головний редактор альманаху "Текст і традиція", що видається Пушкінським Будинком спільно з Музеєм-садибою "Ясна Поляна".
2015 року написав текст «Тотального диктанта». У червні 2017 року був обраний почесним доктором Бухарестського університету.
У 2016 році релігійний мислитель, архієпископ Кентерберійський Роуен Вільямс присвятив роману Водолазкіна "Лавр" виступ: "A Curious Novel: Postmodernism and Holy Madness" (TEDхOxBridge, 05.07.2016).
За версією газети Metropolis, роман Водолазкіна "Авіатор" очолив топ-10 книг, виданих у Румунії у 2017 році. А у 2019 році роман «Лавр» став Книгою року у Словаччині.
Євген Водолазкін живе у Санкт-Петербурзі. Дружина – літературознавець Тетяна Руді.
Євген Водолазкін: Я маю слабкість: люблю працювати з жанровою літературою. Принаймні починати в одному з її жанрів, а потім - покидати його межі. Беру історичний роман – і роблю неісторичний. Беру жанр фантастики – і пишу те, що до фантастики не має стосунку.