
Родился в 1852 году в селе Митякино Саратовской губернии в семье священника. Среднее образование получил в Саратовской духовной семинарии. В 1874 году поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, которую окончил в 1878 году.
По окончании академии за глубокое знание английского языка был назначен псаломщиком в русскую церковь при российском посольстве в Нью-Йорке, где нёс послушание с 1879 по 1881 год. В 1881 году защитил магистерскую диссертацию «Римский католицизм в Америке: Исследование о современном состоянии и причинах быстрого роста Римско-Католической Церкви в Соединённых Штатах Северной Америки».
В 1882 году вернулся в Санкт-Петербург и в следующем году возглавил кафедру сравнительного богословия в Санкт-Петербургской духовной академии. В 1885 году перешёл на кафедру древней общегражданской истории, которую занимал до своей кончины.
Умер в чине статского советника в 1904 году. Погребён на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры Санкт-Петербурга.
Ещё будучи студентом, в 1876 году, напечатал в журнале «Христианское чтение» крупный труд о ветхозаветных пророках. Будучи псаломщиком в Нью-Йорке, сотрудничал с американским журналом «The Oriental Church Magazine», в котором печатали его статьи о церковной жизни. В то же время в русских журналах и газетах публиковал результаты своих наблюдений за жизнью и бытом американского народа.
Будучи преподавателем духовной академии, перевёл и издал ряд произведений Фаррара, Лютардта, Робертсона, труды Фомы Кемпийского, Г. Ульгорна, перевод полного собрания творений святого Иоанна Златоуста (только первые шесть томов этого издания вышли под его редакцией) и других. В высоколитературных переводах Лопухина современники отмечали «освещение событий с точки зрения православного богослова».
Однако из-за смерти он успел подготовить только комментарии на Пятикнижие Моисеево, составившие первый том «Толковой Библии», законченной его преемниками.
В виде приложения к журналу «Странник» вышла в свет «Православная богословская энциклопедия или богословский энциклопедический словарь» в пяти томах (издание не было закончено в связи со смертью автора).