После окончания школы Игорь в течение года работал, а также делал платные переводы. К этому его принуждало нелёгкое материальное положение семьи и желание Дьяконова поступить в университет, что было легче сделать с рабочего места. В 1932 году ему с трудом удалось поступить в Историко-филологический институт (позднее ставший частью Ленинградского государственного университета). В начале 1930-х годов в университет принимали не по результатам экзаменов, а по анкетным данным. Дьяконову удалось попасть на лист ожидания, и полноправным студентом он стал лишь после того, как отчисленные с рабфака студенты освободили достаточно мест.
В университете в то время преподавали такие известные учёные, как языковед Николай Марр, востоковеды Николай Юшманов, Александр Рифтин, Игнатий Крачковский, Василий Струве, востоковед и африканист Дмитрий Ольдерогге и другие. Александр Павлович Рифтин долгое время был научным руководителем Дьяконова, а с академиком Василием Васильевичем Струве у Дьяконова сложились очень непростые отношения с самой юности.
В 1938 году отец Дьяконова был арестован с официальным приговором «10 лет без права переписки». На самом деле отец был расстрелян через несколько месяцев после ареста, в том же 1938 году, но семья узнала об этом только через несколько лет, долгие годы сохраняя надежду, что он ещё жив. В 1956 году отец Дьяконова был реабилитирован за отсутствием состава преступления. Несмотря на то, что Дьяконов стал «сыном врага народа», он смог закончить последний курс. Он изучал идиш, арабский, древнееврейский, аккадский, древнегреческий и другие языки.
В 1941 году Дьяконов как сотрудник Эрмитажа был мобилизован для эвакуации ценных коллекций. Работал под руководством знаменитого искусствоведа и египтолога Милицы Матье и упаковывал одну из восточных коллекций. По настоянию руководителя партийной организации Эрмитажа, Дьяконов, несмотря на белый билет по зрению, записался в ополчение. Директор Эрмитажа И. А. Орбели, ценивший молодого способного сотрудника, вытащил его из ополчения. До этого Орбели резко выступил против распределения Дьяконова в провинцию после окончания ЛГУ, сохранив его на работе в Эрмитаже.
Благодаря знанию немецкого языка Дьяконов был зачислен в разведотдел, но не продержался там из-за плохой анкеты. Был переводчиком в отделе пропаганды Карельского фронта, где писал и печатал листовки, участвовал в допросах пленных. В 1944 году Дьяконов участвовал в наступлении советских войск в Норвегии и был назначен заместителем коменданта города Киркенес. Жители города отзывались о деятельности Дьяконова с благодарностью.
Дьяконов был демобилизован в 1946 году и вернулся в университет. Его научный руководитель, Александр Павлович Рифтин, умер в 1945 году, и Дьяконов стал ассистентом кафедры семитологии, которой заведовал И. Н. Винников. Игорь Михайлович быстро защитил кандидатскую диссертацию на тему земельных отношений в Ассирии и начал преподавать.
В 1950 году на фоне кампании по «борьбе с космополитизмом» одна из выпускниц кафедры написала донос, в котором указала, что на кафедре изучают Талмуд. Кафедру закрыли, уволив почти всех преподавателей, в том числе и Игоря Михайловича.
Дьяконов вернулся к работе в Эрмитаже. После реорганизации Института востоковедения стал работать в его Ленинградском отделении. Диапазон его творчества распространялся на совершенно различные области древней истории. В соавторстве с М. М. Дьяконовым и В. А. Лившицем он расшифровал парфянские документы из Нисы. В 1952 году Дьяконов в соавторстве с И. М. Дунаевской и Я. М. Магазинером опубликовал уникальное сравнительное исследование вавилонских, ассирийских и хеттских законов. В 1956 году издал книгу по истории Мидии. В 1963 году опубликовал все известные к тому времени урартские тексты на глиняных табличках. В 1973 году опубликованы сделанные Дьяконовым новые переводы библейских книг — «Песни песней» и «Книги Екклесиаста», в 1998 году — перевод «Плача Иеремии». Уже после смерти вышли переводы с латинского языка, в том числе Анналов святого Власия.
Высокая степень научности, тем не менее, сопутствовала далеко не всем переводам Дьяконова: в частности, в своём переводе 2-го стиха 3-й главы Книги пророка Наума Дьяконов произвольно опустил слова, предрекающие сокрытие Ниневии песками.
В 1959 году вышла в свет монография «Общественный и государственный строй Древнего Двуречья. Шумер», через год защищённая в качестве диссертации на степень доктора исторических наук. В этом труде Дьяконов даёт собственную концепцию структуры шумерского общества и социально-политической истории Месопотамии в шумерский период, а также критикует все предыдущие концепции историков-шумерологов: принятую советской наукой в середине 1930-х годов концепцию В.В. Струве и утвердившуюся в западной науке концепцию А. Даймеля.
В классическом учебнике Струве, идеи которого лаконично излагает Дьяконов, «из первобытной общины выводилось существование на древнем Востоке общинного (а не индивидуального) рабства и царского деспотизма; поскольку ирригационная система была делом общинным, постольку частная собственность на землю возникала только на высоких полях, которые невозможно было орошать». А. Даймель же полагал, что всё без исключения хозяйство шумерских городов-государств следует считать относящимся к храмово-царскому хозяйству, и его точку зрения поддержал авторитетнейший шумеролог А. Фалькенштейн.
В монографии И. М. Дьяконова обе эти концепции были отвергнуты. Подсчитав общую площадь орошаемых земель государства Лагаш и сравнив это количество с площадью земель храма Бау, исследователь пришёл к выводу, что «значительная часть земли в Лагаше лежала за пределами храмовых владений», а храмовое хозяйство «охватывало всё же, вероятно, лишь часть свободного и рабского населения Лагаша и занимало далеко не всю обрабатываемую площадь государства». Концепция Струве о частном землевладении на «высоких полях» была оспорена Дьяконовым на основе следующей аргументации: на неорошаемой земле в условиях сухих тропиков хлеб расти не может.
В результате своего исследования Дьяконов приходит к выводу о существовании двух крупных секторов шумерской экономики: земли большесемейных общин и храмовой земли. Население Шумера было вписано в эту экономическую структуру и разделялось на четыре страты: крупная знать, обладавшая большими участками земли и имевшая возможность приобрести землю в собственность; рядовые общинники, владевшие землёй в порядке семейно-общинного владения; клиенты (бывшие общинники, утратившие общинные связи); рабы (храма и частных лиц). Основной производительной силой шумерского общества Дьяконов, в противоположность Струве, считает не рабов, а рядовых общинников и отчасти клиентов. Политический строй Шумера рассматривается им как перманентная борьба за власть между общинными и царско-храмовыми политическими группами, а политическая история шумерских государств делится на три фазы: борьба царя и аристократической олигархии; возникновение деспотии в аккадский период и борьба за её упрочение; победа деспотического строя при III династии Ура].
Начиная с 1990-х годов в шумерологии возрождаются поиски типологически, а в перспективе, возможно, и генетически близких шумерскому языков. В 1991 году Р. Иосивара в своей монографии сопоставил шумерский с японским, а в 1996 году П. К. Манансала опубликовал свои аргументы с привлечением как фонетических, так и морфологических и лексических данных в пользу родства шумерского с языками австронезийской группы, куда он включил, кроме мунда, ещё и японский. Через год после публикации Манансалы Дьяконовым было продолжено обоснование гипотезы родства шумерского языка и языков группы мунда: сходными оказались, помимо нескольких десятков имён, некоторые термины родства и падежные показатели. Интерес вызывает тот факт, что именно на сопоставлении шумерского языка с языками мунда сходятся позиции Дьяконова и его непримиримого оппонента Кифишина.
Разнообразие научной деятельности Игоря Михайловича Дьяконова позволило ему внести большой вклад в сравнительное языкознание. Несколько его работ претендуют на фундаментальность в данной области.
Дьяконов также интересовался вопросами дешифровки древних письменностей и содействовал изданию на русском языке целого ряда фрагментов и отрывков из передовых трудов по истории письма, которые вышли с его подробными комментариями о современном состоянии вопроса.
Дьяконов опубликовал несколько обобщающих работ по истории. Ему принадлежат важные главы в первом томе «Всемирной истории» (М., 1955), трёхтомном учебнике «Истории древнего мира» (М., 1982) и первом томе «Истории Востока» (М., 1997), также совместно с другими авторами им написана: История Древнего Востока.
Среди монографических работ Дьяконова:
Архаические мифы Востока и Запада. — М., 1990. — 246 с. Среди оппозиционного направления ассириологов (Кифишин, Вассоевич, Святополк-Четвертынский) книга вызвала глубокое неприятие прежде всего в связи с чрезмерно завышенным материалистически-позитивистским подходом к проблемам духовного плана.
Пути истории: от древнейшего человека до наших дней. — М.: Восточная литература, 1994. — 382 с.
Однако последнюю книгу сам Дьяконов называл «авантюрой», и, действительно, она вызвала серьёзную критику некоторых историков. Наиболее последовательно концепция Дьяконова, выдвинутая в «Путях истории», разобрана Ю. И. Семёновым в его монографии «Философия истории».
Эрик Хобсбаум назвал концепцию Дьяконова «очень интересным взглядом на историю». По мнению д-ра ист. наук, проф. А. А. Штырбула: «Предложенная И. М. Дьяконовым стадиальность далеко не совершенна и, в отличие от марксовой, слабо аргументирована, недостаточно обоснована, к тому же её классификация не может вместить все многообразие исторических фактов и явлений в предложенную научную схему».
В 1968 году И. М. Дьяконов опубликовал самое подробное на тот момент исследование этногенеза армян — книгу «Происхождение армянского народа», в которой, опираясь на общепринятые в тот период научные воззрения, обосновывал миграционно-смешанную гипотезу армянского этногенеза.
В марте 1988 года Дьяконов получил диплом почётного доктора Чикагского университета, где был назван ведущим исследователем древнего Ближнего Востока, который «в одиночку возродил ассириологическую науку в Советском Союзе». Действительно, И. М. Дьяконов воспитал многих учеников. Многие из них продолжают работать в Отделе Древнего Востока Института восточных рукописей РАН. Там же расположена мемориальная библиотека Дьяконова, переданная в дар Институту.
В 1961 году в серии «Литературные памятники» вышел перевод Дьяконова Эпоса о Гильгамеше. Эта работа принесла Дьяконову как успех и широкую известность за пределами востоковедения, так и ропот недовольства среди учёных в связи с обстоятельствами, сопутствовавшими данному переводу. В ходе подготовки перевода Дьяконов работал с рукописями перевода «Ассиро-вавилонского эпоса», сделанного талантливым востоковедом Владимиром Казимировичем Шилейко в 1920-е — 1930-е годы. Влияние Шилейко не отрицалось, однако возникла дискуссия о масштабах использования этих рукописей. Словами известного российского филолога Вячеслава Всеволодовича Иванова: «целый ряд мест указанного перевода … почти буквально следует тексту Шилейко не только в ритме, но и в конкретном подборе слов». Дьяконов в своей «Книге воспоминаний» подтверждает, что долгое время работал с рукописью Шилейко, но утверждает, что она представляла собой «черновые и незавершённые наброски, часто без начала и конца», а также, что её издание «неосуществимо». В то же время, другие исследователи считали рукопись «Ассиро-вавилонский эпос» законченной и готовой к публикации, более того, большая часть её была опубликована без каких-либо дополнительных консультаций с ассириологами в 1987 году.
Однако на добросовестность работы И. М. Дьяконова с рукописями Шилейко указывает обнаруженное в архиве семьи Шилейко письмо В.К. Андреевой-Шилейко И.М. Дьяконову от 23 августа 1940 года (сохранился его черновик), в котором сказано: «В Вашем письме Вы спрашиваете, не сохранилось ли в бумагах Владимира Казимировича переводов других текстов Гильгамеша (помимо VI таблицы — В. Е.). К сожалению, нет, хотя Владимиром Казимировичем были переведены все части Гильгамеша полностью и им об этом эпосе было подготовлено большое исследование. Но по воле рока все материалы по этой его работе пропали на его ленинградской квартире во время пребывания в Москве. Пропажа эта была тяжёлым ударом моему покойному мужу, хотя он и имел обыкновение говорить, что горевать не о чём, так как то, что не удалось завершить ему, всё равно сделают другие. И он, наверно, порадовался бы, найдя в Вашем лице себе продолжателя». Таким образом, из переписки следует, что полный перевод эпоса о Гильгамеше был потерян ещё при жизни В.К. Шилейко, и его вдова благословила молодого учёного И.М. Дьяконова на то, чтобы сделать новый перевод. Точку в этой дискуссии об авторстве должно поставить академическое издание тех переводов Шилейко, которые сохранились. Впрочем, сам Дьяконов в 1980-х годах своим ученикам читал собственную эпиграмму: «Гильгамеша пожалей-ка: перевёл его Шилейко».
