Протоиерей Николай Агафонов родился в 1955 году на Урале, в семье инженера. Свое детство он провел на Волге. Окончил школу в Тольятти, после служил в армии. После армии окончил Московскую Духовную семинарию и Санкт-Петербургскую Духовную академию и был назначен ректором во вновь открывающуюся Саратовскую Духовную семинарию на должность ректора.
С 1997 года возглавлял в Волгоградской епархии миссионерский отдел и построил две плавучие миссионерские церкви. С 2001 года отец Николай серьезно увлекся писательской деятельностью. И уже в 2002 году его два рассказа печатаются в литературно-художественном журнале «Отчий край» г. Волгограда. 18 октября 2004 года отца Николая Агафонова приняли в Союз писателей России.
Творчество отца Николая Агафонова развивалось в русле традиций православной художественной прозы последних десятилетий. Его имя может быть включено в широкий перечень авторов, работающих в рамках этого литературного явления, таких как Ярослав Шипов, Александр Шантаев, Александр Торик, Алексей Мокиевский, Борис Споров, Валерий Лялин, Татьяна Шипошина и многих других.
