Протоієрей Микола Агафонов народився 1955 року на Уралі, у ній інженера. Своє дитинство він провів на Волзі. Закінчив школу в Тольятті, потім служив у армії. Після армії закінчив Московську Духовну семінарію і Санкт-Петербурзьку Духовну академію і був призначений ректором в Саратовську Духовну семінарію, що знову відкривається, на посаду ректора.
З 1997 року очолював у Волгоградській єпархії місіонерський відділ і збудував дві плавучі місіонерські церкви. З 2001 року отець Микола серйозно захопився письменницькою діяльністю. І вже 2002 року його дві розповіді друкуються у літературно-мистецькому журналі «Отчий край» м. Волгограда. 18 жовтня 2004 року отця Миколу Агафонова прийняли до Спілки письменників Росії.
Творчість отця Миколи Агафонова розвивалася у руслі традицій православної художньої прози останніх десятиліть. Його ім'я може бути включено до широкого переліку авторів, що працюють у рамках цього літературного явища, таких як Ярослав Шипов, Олександр Шантаєв, Олександр Торік, Олексій Мокієвський, Борис Споров, Валерій Лялін, Тетяна Шипошина та багатьох інших.
