У 1976 році закінчив Вищу військово-морське училище і того ж року в званні лейтенанта почав службу на Північному флоті. З 1979 року був командиром кораблів різних класів. У 1995 році закінчив Військово-морську академію імені М. Г. Кузнєцова. У 1997 році звільнився в запас у званні капітана 2 ранги.
У 1998 році призначений прес-секретарем єпископа Мурманського Симона (Геті) та керівником видавництва Мурманської єпархії. Засновник та перший редактор газети Мурманської єпархії «Православна місіонерська газета».
У 1999 році вступив до Православного Свято-Тихоновського богословського інституту, який закінчив у 2005 році, вступивши до аспірантури.
У 2000 році отримав благословення від архімандрита Іоанна (Крестянкіна) на прийняття чернецтва. 11 червня 2000 року архієпископом Мурманським Симоном (Гетей) пострижений у чернецтво з назвою імені Митрофан на честь святителя Митрофана, першого патріарха Константинопольського.
13 червня того ж року висвячений у сан ієродиякона, а 25 червня - в сан ієромонаха. Призначений настоятелем Успенського приходу села Варзуга. 28 березня 2007 року зведений у сан ігумена.
23 вересня 2009 року на засіданні спеціалізованої вченої ради ПСТГУ відбувся захист його дисертації на здобуття наукового ступеня кандидата богослов'я «Житіє преподобного Трифона Печенгського та історія Печенгського монастиря у світлі нових історичних документів (досвід критичного переосмислення)».
2 жовтня 2013 року рішенням Священного синоду обраний єпископом Північноморським та Умбським. 1 листопада названий єпископом. 24 листопада у храмі Зіслання Святого Духа в селищі Першотравневе хіротонізований на єпископа Північноморського та Умбського. З 17 по 28 листопада 2014 року слухав двотижневі курси підвищення кваліфікації для новопоставлених архієреїв православної церкви.
25 грудня 2014 року рішенням Священного синоду затверджено на посаді священноархімандрита Свято-Троїцького Трифонова Печенгського чоловічого монастиря.
26 лютого 2019 року рішенням Священного синоду призначено єпископом Мурманським та Мончегорським та головою Мурманської митрополії; одночасно йому доручено тимчасове управління Північноморською єпархією.
17 березня 2019 року у зв'язку з призначенням головою Мурманської митрополії зведений у сан митрополита. 17 липня 2020 року Священним синодом затверджено священноархімандритом Свято-Троїцького Феодоритова Кольського чоловічого монастиря міста Мурманська.
Книги митрополита Митрофана (Баданіна):
Святі мучениці Пузинські Євдокія, Дарія, Дарія та Марія / За ред. ієромонаха Митрофана (Баданіна), 2002
Блаженний Феодорит Кольський, просвітитель лопарей, 2002
Преподобний Трифон Печенгський та його духовна спадщина. Житіє, перекази, історичні документи. Досвід критичного переосмислення, 2003
Знання чи кохання? Про допустимість наукових методів у тлумаченні Євангелія, 2005
Житіє преподобного Феодорита, просвітителя Кольського: у виклад. ієромонаха Митрофана (Баданіна), 2006
Переказ про Тихвінську ікону Божої Матері, що у селі Кашкаранці на Терському березі Білого моря, 2007
Прп. Варлаам Керетський: історичні матеріали до написання житія, 2007
Преподобний Варлаам Керетський. Історичні матеріали до написання житія, 2007
Преподобний Трифон Печенгський. Історичні матеріали до написання житія, 2009
Варзуга. Перлина Кольської Півночі. До 590-річчя першого російського поселення на Кольській Півночі, 2009
Житія новомучеників Кольської Півночі. У викладі ігумена Митрофана (Баданіна), 2011
Молитвослів'я Всім святим Кольським та шанованим іконам, 2011
Житіє преподобного Варлаама Керетського чудотворця у короткій редакції, з віршованим його викладом у формі акафіста, 2011
Ікона Великого князя: Оповідь про Великого князя Михайла Олександровича Романова та його молитовну ікону Божої Матері «Казанська», що нині перебуває в церкві преподобного Серафима Саровського на Серафимівському цвинтарі Санкт-Петербурга, 2012
Ікона великого князя: оповідь про Великого князя Михайла Олександровича Романова та його молитовну Казанську ікону Божої Матері, що нині перебуває в храмі преподобного Серафима Саровського на Серафимському цвинтарі Санкт-Петербурга, 2020
Кашкаранські святині Терського берега, 2012
Історія Кандалакшського монастиря, 2012
Князь Олександр Невський та Кольська Північ. Невідомі сторінки житія, 2013
Війна та кохання, 2013
Правда про російський мат, 2013-2019
Житіє преподобного Трифона Печенгського чудотворця. У викладі єпископа Митрофана (Баданина), 2017
Північ як феномен. Християнство на підступах до Кольської Півночі
Приєднання Кольської Півночі до Новгородської Русі. Аборигени краю та перші християнські поселення, 2017
Активна християнізація Кольської Півночі у XVI столітті. Просвітителі краю, підсумки місії та їх послідовники, 2017
Духовні витоки Російської революції, 2017
Спорт та його духовні аспекти, 2018
До та після. Апологія книги Еноха, 2018
Моє XX століття. Про прожите та пережите, 2019
Моє XXI століття. Довгий шлях до світла., 2019
Гріх Содома, 2019
Перлинні глибини, 2020
Таємниця Великої війни, 2020
«Я є з Кереті Варлаам». Історія житій святих отців Кольської Півночі XVI століття, 2021
Перлинні глибини - II, 2021