
Народився 1852 року в селі Мітякино Саратовської губернії в сім'ї священика. Середню освіту здобув у Саратовській духовній семінарії. У 1874 році вступив до Санкт-Петербурзької духовної академії, яку закінчив у 1878 році.
Після закінчення академії за глибоке знання англійської мови був призначений псаломщиком до російської церкви при російському посольстві в Нью-Йорку, де послухався з 1879 по 1881 рік. В 1881 захистив магістерську дисертацію «Римський католицизм в Америці: Дослідження про сучасний стан і причини швидкого зростання Римо-Католицької Церкви в Сполучених Штатах Північної Америки».
У 1882 році повернувся до Санкт-Петербурга і наступного року очолив кафедру порівняльного богослов'я в Санкт-Петербурзькій духовній академії. У 1885 році перейшов на кафедру стародавньої загальногромадянської історії, яку займав до смерті.
Помер у чині статського радника у 1904 році. Похований на Микільському цвинтарі Олександро-Невської Лаври Санкт-Петербурга.
Ще будучи студентом, у 1876 році, надрукував у журналі «Християнське читання» велику працю про старозавітних пророків. Будучи псаломщиком у Нью-Йорку, співпрацював з американським журналом The Oriental Church Magazine, в якому друкували його статті про церковне життя. Водночас у російських журналах та газетах публікував результати своїх спостережень за життям та побутом американського народу.
За час роботи А.П.Лопухіна редактором зросла кількість публікацій з Писань, загальної церковної історії, літургіки, церковної археології, богослов'я. Почав видавати безкоштовні додатки до журналів, які власними силами представляли літературну і наукову цінність; зокрема, як подібний безкоштовний додаток почала видаватися «Тлумачна Біблія, або Коментар на всі книги Святого Письма Старого та Нового Завіту».
Однак через смерть він встиг підготувати лише коментарі на П'ятикнижжя Мойсеєва, що склали перший том «Тлумачної Біблії», закінченої його наступниками.