23 липня 1922 року був уперше заарештований за антиобновленческую діяльність. Відбував заслання у м.Княж-Погост Усть-Вимського повіту до весни 1925 року.
У 1923 році засланець єпископ Ковровський Афанасій (Сахаров) повінчав Сергія Фуделя з Вірою Максимівною Ситиною (1901-1988), яка, ще будучи його нареченою, поїхала разом з ним з Москви на заслання.
У 1925-1932 роках родина Фуделів жила в Москві. Сергій працював старшим науковим співробітником Інституту плодоовочевої промисловості.
1 січня 1933 року Сергія Фуделя знову заарештували (вдруге) і засудили до трьох років заслання за звинуваченням в «антирадянській агітації» і в «недонесенні про контрреволюційний злочин». Був засланий на лісозаготівлі до табору під Вельском, а липні 1933 року був переведений до Вологди. Там він перебував до січня 1936 року. Після заслання у Вологді аж до 1942 року родина Фуделів жила в Загорську (Московська область), де Сергій працював бухгалтером в артілі, а пізніше на заводі. На той час їхній будинок був місцем проведення таємних богослужінь і притулком священнослужителів, що ховалися від переслідування.
Під час Великої Вітчизняної війни, до серпня 1945 року, Фудель служив рядовим у залізничних військах охорони військових вантажів.
17 травня 1946 року був заарештований утретє у справі про «антирадянське церковне підпілля». 30 листопада був засуджений до п'ятирічного заслання, яке відбував спочатку в Мінусинську, а потім, до липня 1951 року, у селі Великий Улуй Красноярського краю. Після закінчення заслання сім'я Фуделей жила в Усмані, де Сергій працював рахівником в артілі «Червоний прапор» та підробляв приватними уроками англійської мови.
З 1955 року розпочалася літературна діяльність Сергія Фуделя. Перша його робота називалася «Моїм дітям та друзям» і була закінчена у 1956 році. 1957-го року в початковій редакції з'явився його твір «Шлях батьків». У 1959—1961-х твори — «Церква вірних», «Світло Церкви», «Соборність Церкви та екуменізм». Сама спрямованість та характер творчості Сергія Йосиповича Фуделя робило його твори свідомо забороненими.
У листопаді 1962 року сім'я переїхала до Покрова, де Фудель служив псаломщиком у Покровському храмі. Тоді він виконував також переклади для видавничого відділу Московської патріархії. У 1963 році була закінчена його книга «Спадщина Достоєвського» і почалася робота над книгою про Павла Флоренського «Початок пізнання Церкви». Цю книгу видано 1972 року у Парижі без відома автора під псевдонімом Ф.Уделов. Також у самвидаві у 1970-ті роки з'явилися й інші його книги – «Священне Передання», «Причастя вічного життя», «Біля стін Церкви», «Слов'янофільство та Церква», «Записки про літургію та Церкву».