Свою первинну спеціалізацію з психотерапії Дмитро Авдєєв отримав у 1989 році у Психоневрологічному інституті ім. В.М.Бехтерєва (Санкт-Петербург). Після закінчення ординатури був рекомендований до очної аспірантури тієї ж кафедри, яку достроково закінчив за два роки, підготувавши кандидатську дисертацію. Захист дисертації пройшов 1992 року в Інституті загальної та судової психіатрії ім. В.П.Сербського. Дисертаційне дослідження Дмитра Авдєєва присвячене вивченню питань екологічної психіатрії. У тому ж році Дмитро Авдєєв пройшов стажування з психотерапії у Німеччині.
З 1992 по 1995 роки Дмитро Олександрович Авдєєв працював на посаді завідувача кабінету психотерапії Республіканського кардіологічного диспансеру (Чебоксари). Займався питаннями психологічної реабілітації хворих на інфаркт міокарда на постстаціонарному етапі. Практичні результати його діяльності було доповідано на Всеросійській конференції «Актуальні питання профілактики неінфекційних захворювань» (Москва, 1993), а також опубліковані в монографії та наукових статтях російською та англійською мовами. У цей час читав лекції на посаді доцента на кафедрі психології Чуваського Інституту освіти.
З 1996 по 2003 роках Дмитро Авдєєв працював лікарем-психотерапевтом Московської лікарні №32, в Душопікувальному Центрі в ім'я святого праведного Іоанна Кронштадтського в Москві і вів лікарський прийом при храмі святого мученика Воніфатія в Московській Області.
У Душопікувальному Центрі у співавторстві з ігуменом Анатолієм (Берестовим), Р.А.Страховою та Г.В.Єфремовою Дмитро Авдєєв розробив програму реабілітації наркозалежних – «Православна програма реабілітації молоді з адиктивною поведінкою». Здійснюється програма за участю духовенства, православних лікарів, психологів та педагогів. Програма реабілітації показала свою високу ефективність.
У 2003-2004 роках працював на Кіпрі. Брав участь в організації Реабілітаційного центру Російської парафії святого Стілліана (м. Лімасол). У 2005-2006 роках навчався в докторантурі на богословському факультеті Університету ім. Лучіана Благі (Сібіу, Румунія) за спеціалізацією «Формування християнського ставлення до психічних захворювань».
З 2005 року по 2022 рік – директор московського Інституту проблем формування християнського ставлення до психічних захворювань, затверджений на посаді професора. До п'ятиріччя Інституту було випущено пам'ятну медаль «За допомогу та старанність». 2020 року Інститут відзначив своє п'ятнадцятиріччя.
Лікар Дмитро Авдєєв постійно підвищував лікарську кваліфікацію. Він навчався на кафедрі психотерапії Російської Медичної Академії післядипломної освіти МОЗ РФ (Москва), на кафедрі психіатрії Московського державного медико-стоматологічного медичного університету, в Санкт-Петербурзькому науково-дослідному психоневрологічному інституті імені В.М.Бехтерєва, проходив навчання у багатьох ведучих та США. Був членом редколегії низки вітчизняних та зарубіжних журналів. З публікаціями та доповідями брав участь у вітчизняних, європейських та всесвітніх з'їздах з психіатрії та психотерапії.
З 1991 року Дмитро Авдєєв активно працював у напрямі формування християнського ставлення до психічних захворювань, розробив моделі православної психотерапії. Усього за роки роботи їм проконсультовано понад 40 000 осіб. Читав лекції в Росії та за кордоном.
Дмитро Олександрович Авдєєв 9 лютого 2022 року відійшов до Господа. Свій сайт він заповідав залишити на благо людям, тому що там міститься величезна кількість корисного матеріалу, який він напрацював більш як за 30 років роботи психотерапевтом.
